پس از ارتقاء جایگاه سازمان فصایی ایران که در سال 1389 با هدف یکپارچه‎سازی فعالیت‎های فضایی کشور، صورت گرفته است، با مصوبه اخیر شورای گسترش آموزش عالی وزارت علوم، تحقيقات و فناوری، پژوهشگاه هوافضا با توسعه قابل توجه با نام جدید «پژوهشگاه فضایی ایران» به فعالیت خود در ساختاری جدید ادامه خواهد داد.

این ساختار پیشنهادی و مورد تایید معاونت محترم پژوهشی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری که جهت طرح و تصویب در هیات امنا ابلاغ شده است، به شرح زیر است:

1- پژوهشکده سامانه‎های حمل و نقل فضایی با گروه‎های:
1-1 گروه پژوهشی مهندسی سامانه‎های حمل و نقل فضایی
1-2 گروه پژوهشی پیشران‎های فضایی
1-3 گروه پژوهشی حامل‎های برگشت پذیر
1-4 گروه پژوهشی عملیات فضایی

2- پژوهشکده سامانه‎های ماهواره با گروه‎های:
2-1 گروه پژوهشی مهندسی سامانه‎های ماهواره
2-2 گروه پژوهشی فناوری فضایی
2-3 گروه پژوهشی فناوری زمینی
2-4 گروه پزوهشی رباتیک فضایی

3- پژوهشکده سامانه‎های فضانوردی با گروه‎های:
3-1 گروه پژوهشی مهندسی سامانه‎های فضانوردی
3-2 گروه پژوهشی طراحی فضاپیما
3-3 گروه پژوهشی علوم فضایی
3-4 گروه پژوهشی زیست فضایی

4- پژوهشکده مکانیک واقع در شیراز با گروه‎های:
4-1 گروه پژوهشی تجهیزات فضانورد
4-1 گروه پژوهشی حسگرهای فضایی
4-1 گروه پژوهشی آیروترمودینامیک

5- پژوهشکده مواد و انرژی واقع در اصفهان با گروه‎های:
5-1 گروه پژوهشی مولدهای انرژی
5-2 گروه پژوهشی مواد و آلیاژهای نوین
5-3 گروه پژوهشی ذخیره انرژی

6- پژوهشکده رانشگرهای فضایی واقع در تبریز با گروه‎های:
6-1 گروه پژوهشی رانشگرهای الکتریکی
6-2 گروه پژوهشی عملگرها
6-3 گروه پژوهشی مکانیرم‎ها

7- مرکز تحقیقات فضایی مازندران با گروه‎های:
7-1 گروه پژوهشی علوم و فنون نوین فضایی
7-2 گروه پژوهشی علوم و کاربردهای فضایی

8- گروه پژوهشی حقوق فضا

در ساختار سابق، پژوهشگاه هوافضا دارای سه پژوهشکده «علوم و فناوری هوایی»، «علوم و فناوری فضایی»، «حقوق، مدیریت و استانداردهای هوافضایی» و گروه پژوهشی مستقل «فیزیولوژی هوافضایی» بوده است.